Если источником гемопоэтических стволовых клеток служит периферическая кровь, донору приходится проходить пятидневный подготовительный период. В течение пяти дней подкожно вводится специальный препарат («Граноцит» или «Нейпоген»), стимулирующий выход стволовых гемопоэтических клеток в кровоток. На пятый день донору приходится пройти процедуру афереза, длящуюся 3-5 часов в зависимости от количества стволовых клеток, которое необходимо получить. Во время этой процедуры кровь откачивается специальным насосом из локтевой вены, проходит через специальный аппарат – клеточный сепаратор, и возвращается донору. Во время каждого прохождения через аппарат отбирается только небольшое количество стволовых клеток, поэтому таких циклов совершается очень много. Всего за процедуру через сепаратор проходит 10-15 литров, крови из которых в аппарате остается всего 50-200 мл. Остальные компоненты крови возвращаются донору. Процедура аналогична тромбоцитаферезу, через которые проходят все доноры тромбоцитов.
При подготовке к аферезу самыми частыми побочными явлениям является ломота и боли в костях, возникающие примерно у половины доноров в период стимуляции. Ростовые факторы стимулируют деление клеток в костном мозге, костный мозг увеличивается в объеме и давит изнутри на кости – отсюда и неприятные ощущения. Еще одно возможное последствие – незначительная потеря тромбоцитов во время процедуры афереза. Часть тромбоцитов отбирается сепаратором вместе с гемопоэтическими клетками. Возможны также обострения аутоиммунных заболеваний. Поэтому люди, страдающие аутоиммунными болезнями (ревматоидным артритом, системной красной волчанкой, псориазом) не допускаются до этого вида донорства.